El cuerpo de un organismo vivo comienza a descomponerse poco después de la muerte. Esta descomposición se puede simplificar en dos etapas: En la primer etapa, se limita a la producción de gases. En la segunda etapa, se forman fluidos y la carne o la materia de la planta comienza a descomponerse. La ciencia que estudia este tipo de descomposición se llama tafonomía.

Históricamente, el proceso de descomposición de un organismo vivo ha sido descrito como parte de cuatro etapas: autólisis, putrefacción, decaimiento y secado (diagénesis).

Proceso
La descomposición comienza en el momento del deceso, causado por dos factores: autólisis, la ruptura de tejidos por los propios compuestos químicos internos del cuerpo y enzimas; y putrefacción, la ruptura de tejidos causada por bacterias. Estos procesos liberan gases que son las principales fuentes del característico hedor de los cadáveres. Estos gases inflaman el cuerpo.

Los animales carroñeros juegan un papel importante en la descomposición. Insectos y otros animales son generalmente el siguiente agente de descomposición, si el cuerpo se encuentra accesible a ellos. Los insectos más importantes que suelen estar implicados en el proceso incluyen moscas Sarcophagidae y Calliphoridae. Carroñeros más grandes, incluyendo coyotes, perros, lobos, zorros, ratas y ratones pueden comerse el cuerpo si les resulta accesible. Algunos de estos animales incluso remueven y dispersan los huesos.

Factores La forma y el ritmo en que el cuerpo de un animal se descompone es fuertemente afectado por algunos factores. En una escala descendente de importancia, estos factores incluyen:

Temperatura
La disposición de oxígeno
Previo embalsamamiento
Causa de la muerte
Acceso de insectos
Entierro y profundidad del entierro
Acceso de carroñeros
Traumatismos
Humedad
Lluvias
Tamaño y peso del cuerpo
Vestimenta
La superficie sobre la cual yace el cuerpo
La velocidad a la cual ocurre la descomposición varía grandemente. Factores como la temperatura, la humedad, y la estación del año en que ocurre la muerte determinan qué tan rápido un cuerpo fresco se descompone o se momifica. Una guía básica para el efecto del medio ambiente en la descomposición se da como la Ley de Casper : cuando hay libre acceso de oxígeno, el cuerpo se descompone al doble de velocidad que cuando es sumergido en agua, y ocho veces más rápido que enterrado en tierra, una proporción de 1:2:8 para aire, agua y bajo presión de tierra, respectivamente.

La variable más importante es la accesibilidad del cuerpo a los insectos, particularmente moscas. En la superficie en áreas tropicales, los invertebrados solos pueden reducir fácilmente un cuerpo completamente carnoso a huesos limpios en aproximadamente dos semanas. El esqueleto como tal no es permanente; los ácidos presentes en la tierra pueden reducirlo al punto de hacerlo irreconocible; esta es una explicación dada para la ausencia de restos humanos encontrados en el Titanic, incluso en partes del barco consideradas inaccesibles para los carroñeros. El hueso recientemente reducido es usualmente denominado hueso “verde” y tiene un característico aspecto grasiento. Bajo ciertas condiciones (normalmente suelo frío y húmedo) los cuerpos pueden experimentar saponificación y desarrollar una sustancia cerosa llamada adipocera, causada por la acción de las sustancias químicas del suelo en las proteínas y grasas del cuerpo. La formación de adipocera retrasa la descomposición inhibiendo la bacteria que causa la putrefacción.

En condiciones extremas de sequía o frío, el proceso normal de descomposición es detenido, a causa de la falta de control de la humedad o bien la temperatura en la acción bacterial y enzimática, provocando la preservación del cuerpo como una momia. Las momias congeladas comúnmente recomienzan el proceso de descomposición cuando se descongelan, mientras las momias disecadas al calor se mantienen así a menos que sean expuestas a humedad.

Los cuerpos de recién nacidos que jamás ingirieron alimento conforman una importante excepción al proceso de descomposición normal. Estos carecen de flora bacterial interna que genere gran parte de la descomposición y normalmente se momifican si son mantenidos en condiciones moderadamente secas.